銀河共和国と分離主義勢力の戦いが激しさを増すなか、元老院のパルパティーン最高議長が敵に誘拐された。ジェダイとして力をつけたアナキンは、オビ=ワンとともに敵艦に乗りこみ、分離主義者のリーダーにしてシスのドゥークー伯爵の命をうばう。ジェダイの掟に反してパドメと結婚していたアナキンは、妻が出産で命を落とす夢にうなされる。パルパティーンはアナキンの恐れをかきたて、フォースの暗黒面を知ればパドメの命を救えると説く。実はパルパティーンはシスの暗黒卿ダース・シディアスだったのだ。アナキンは暗黒面に落ち、ダース・ベイダーの名をあたえられる。一方、パドメが命を賭して産んだ双子は、ひそかに別々に育てられることになる。