副題の「Before the fall」とは、『進撃の巨人』本編第1巻で語られる「ウォール・マリア陥落の前」を意味する。物語は、エレン達が活躍する『進撃の巨人』本編の時代から約70年前から始まる。壁の中に進入を許してしまった巨人の吐瀉物の中から、一人の赤ん坊が発見された。やがて成長し、キュクロ（巨人の子）と名付けられた少年は数奇な運命を辿る。そして、彼は未だ巨人と戦うすべを持たなかった人類に希望をもたらす存在となっていく──。


奴隷同然の身から脱したキュクロは、自らの呪われた生誕の地であるシガンシナ区を目指す。折しもシガンシナ区では十五年ぶりに壁外調査が再開されようとしていた。己が「巨人の子」ではないと証明すべく、調査兵団の幌馬車に潜り込むキュクロ。しかし、ウォール・マリアから出た外地には、彼の想像を絶する地獄が待っていた──!!