マインクラフトの世界にあるのどかな町、コーヌコピア。ここは巨大な壁で外の敵から守られ、人々は豊かな食べ物に恵まれ、心地よい家に住んでいる。だが、マル、レナ、チャグ、トックの４人組は「いい子」でいるルールになじめず、「腐ったリンゴ」と呼ばれていた。
ある日、壁の向こうから攻撃が始まり、それに気づいた４人は現実を受け入れられない町のおとなを頼らず、古くからのルールを破って壁の向こうのオーバーワールドへと旅立つ。
はるか遠くの森の洋館へ行き、敵を倒し、自分たちが腐ったリンゴではないととを証明するため、人々が失った知恵と勇気とクラフトの力を使い、はみだし探検隊の冒険が始まった！