パンを運ぶアンパンマン号を待ち伏せしていた、ばいきんまんとドキンちゃん。
そこへ突然、コキンちゃんの乗ったUFO が突っ込んできて作戦は大失敗！
ですが、得意のうそなきでばいきんまんたちが泣いている間に、UFO へ乗ってどこかへ……。
そんなコキンちゃんは、道中に出会ったハンバーガーキッドのパトロールをお手伝いをしますが、
上手くいきません。ふてくされるコキンちゃんを見た、せいぶのまちのこどもたちが
とくべつに、ある「ひみつのばしょ」を教えてくれると言い出しますが……？