じさまと暮らしている主人公の豆太は勇敢な父親やまだまだ元気なじさまと比べると、いつも弱気で怖がりのため、5歳になってもなかなか夜中のトイレに一人では行けないでいました。それは、トイレの横にある大きいモチモチの木が夜になるとお化けのように見え怖かったからです。そんな豆太は自分と父親・祖父と比較し、勇気のない自分に劣等感・コンプレックスを抱いていました。
しかしある夜、突然じさまが倒れているのに気が付き、豆太は自分一人だとじさまを助けてあげられない状況にありました。じさまを助けるためには離れたところにいるお医者様を呼びに行かなければ行けない。しかし、そこに行くまでにはいつも怖がっているお化けのようなモチモチの木を通っていくことになります。怖がっているとじさまを助けるためのお医者様を呼びに行けないため見殺しにしてしまうことになってします…。
そういった状況から豆太は勇気を振り絞って一人でお医者様を呼びに行くことが出来ました。自分の大切な人がいなくなってしまうことを考えて、豆太にとって何が大切かを豆太は理解したのです。豆太の喜びが勇気のある子供一人にしか見えないモチモチの木に灯された明かりからも読み取ることが出来ます。
人間は本来防衛機能を持っており、コンプレックスや劣等感を極力隠そうとします。しかし、豆太のように自分にとって大切な人がいなくなってしまうかもしれない状況を目の当たりにして、自分にとって何が大切かを体得するのです。この物語ではモチモチの木が豆太が抱いているコンプレックスや成長した過程をうまく表されています。